معاونت تحقیقات و فناوری دبیرخانه فتح پرچم IRANCTF، یکی از پنچ معاونت این مجموعه است که زیر نظر ریاست مجموعه فعالیت می کند. معاونت تحقیقات و فناوری، مسئولیت مدیریت، برنامه ریزی و نظارت بر امور حوزه پژوهش IRANCTF را بر عهده دارد. هدایت فعالیت های پژوهشی این مجموعه و حمایت از فعالیت های پژوهشی اساتید، محققان، دانشجویان، کارکنان بخشی از فعالیت های این معاونت است.